华南农业大学：《遗传学》课程教学资源（课件讲稿）第5章 基因组序列

用家精品课程 第5章基因组序列 5.1物理作图 5.2 基因组测序 5.3 基因组的序列分析 5.4基因组的序列特征 5.5生物信息学

遗传学 Genetics 国家精品课程 1 第5章 基因组序列 5.1 物理作图 5.2 基因组测序 5.3 基因组的序列分析 5.4 基因组的序列特征 5.5 生物信息学

角家精品得程 结构基因组学的最终目的，是要揭示基因组的分子 组成，在分子水平上描绘基因组的结构，即基因组序列 (genomic sequence)。 1990年，启动了人类基因组计划； 1995年，第一个原核生物（细菌)基因组被测序； 1996年，第一个真核生物（酵母）基因组被测序； 1998年，第一个多细胞生物（线虫）基因组被序列：

遗传学 Genetics 国家精品课程 2 结构基因组学的最终目的，是要揭示基因组的分子 组成，在分子水平上描绘基因组的结构，即基因组序列 （genomic sequence）。 1990年，启动了人类基因组计划； 1995年，第一个原核生物（细菌）基因组被测序； 1996年，第一个真核生物（酵母）基因组被测序； 1998年，第一个多细胞生物（线虫）基因组被序列；

用家精品课程 2000年，完成果蝇和拟南芥的基因组测序； 2002年，完成水稻的基因组草图； 2003年，完成人类全基因组测序； 2005年，完成了水稻基因组全序列精确测定

遗传学 Genetics 国家精品课程 3 2000年，完成果蝇和拟南芥的基因组测序； 2002年，完成水稻的基因组草图； 2003年，完成人类全基因组测序； 2005年，完成了水稻基因组全序列精确测定

角家精品得程 第5章基因组序列-5.1物理作图 5.1物理作图 要完成真核生物基因组测序的巨大工程，通常首先 需要把基因组分解成为许多较小的DN片段，然后分别 测序，再综合组装。 物理作图就是要把基因组分解成为许多较小的DNA 片段，然后再把这些DNA片段连接起来，构建一个由DNA 片段重叠群组成的物理图(physical map)

遗传学 Genetics 国家精品课程 4 5.1 物理作图 要完成真核生物基因组测序的巨大工程，通常首先 需要把基因组分解成为许多较小的DNA片段，然后分别 测序，再综合组装。 物理作图就是要把基因组分解成为许多较小的DNA 片段，然后再把这些DNA片段连接起来，构建一个由DNA 片段重叠群组成的物理图（physical map）。 第5章 基因组序列-5.1 物理作图

用家精品课程 第5章基因组序列-一5.1物理作图 物理图谱：描绘DNA上可以识别的标记的位置和相互 之间的距离（以碱基对的数目为衡量单位，即物 理距离)，这些可以识别的标记包括限制性内切 酶的酶切位点，分子标记及功能基因等

遗传学 Genetics 国家精品课程 5 第5章 基因组序列-5.1 物理作图 物理图谱：描绘DNA上可以识别的标记的位置和相互 之间的距离（以碱基对的数目为衡量单位，即物 理距离），这些可以识别的标记包括限制性内切 酶的酶切位点，分子标记及功能基因等

角家精品得程 第5章基因组序列-5.1物理作图 染色体 遗传距离(cM) 遗传图 6 锚定标记 物理图 丰丰挂丰 物理距离(kb) 600 900 220 850 1100 DNA分子 遗传图与物理图整合的效果

遗传学 Genetics 国家精品课程 6 A B CD E F 600 900 220 850 1100 染色体 遗传距离（cM） 遗传图 锚定标记 物理图 物理距离（kb） DNA分子 3 5 14 6 遗传图与物理图整合的效果 第5章 基因组序列-5.1 物理作图

用家精品课程 第5章基因组序列-5.1物理作图 构建作图文库→→建立克隆重叠群→→重叠群长 度确定→→作图片段锚定→→整合图谱

遗传学 Genetics 国家精品课程 7 第5章 基因组序列-5.1 物理作图 构建作图文库→→建立克隆重叠群→→重叠群长 度确定→→作图片段锚定→→整合图谱

角家精品得程 第5章基因组序列-5.1物理作图 5.1.1作图文库 由一个基因组分解产生的用于物理作图的DNA片段 所组成的文库。 作图文库构建：限制性内切酶酶切→→DNA片段分 离→→克隆→→转化→→分析

遗传学 Genetics 国家精品课程 8 5.1.1 作图文库 由一个基因组分解产生的用于物理作图的DNA片段 所组成的文库。 作图文库构建：限制性内切酶酶切→→DNA片段分 离→→克隆→→转化→→分析。 第5章 基因组序列-5.1 物理作图

用家精品课程 第5章基因组序列-5.1物理作图 (1)DNA片段的分离 ●用于物理作图的DNA片段通常较大，一般为100 300kb。获得途径： 利用限制酶的部分酶切； 选用稀有切点的限制酶酶切； 片段的大小可以通过酶切的时间来掌握

遗传学 Genetics 国家精品课程 9 (1)DNA片段的分离 ●用于物理作图的DNA片段通常较大，一般为100- 300kb。获得途径: 利用限制酶的部分酶切; 选用稀有切点的限制酶酶切; 片段的大小可以通过酶切的时间来掌握。 第5章 基因组序列-5.1 物理作图

角家精品得程 第5章基因组序列-5.1物理作图 ●分离方法： 通过降低凝胶的浓度来分离较高分子量的DNA片段； 应用脉冲场凝胶电泳技术(pulsed field ge| electrophoresis,缩写成PFGE) 10

遗传学 Genetics 国家精品课程 10 ●分离方法: 通过降低凝胶的浓度来分离较高分子量的DNA片段; 应用脉冲场凝胶电泳技术（ pulsed field gel electrophoresis，缩写成PFGE） 第5章 基因组序列-5.1 物理作图