《生物信息学》课程教学资源（PPT讲稿）生物信息学数据库（数据库介绍与数据检索）

生物信息学数据库 数据库介绍与数据检索

生物信息学数据库 数据库介绍与数据检索 1

生物信息学与功能基因组学 http://ww.biointbook.org Bioinformatics and functional genomics (second edition) Home page I Pevsnertab-+wiley ste 1st edition site Part i: Bioinformatics Chapter 1: Introduction Bioinformatics and Functional genomics Chapter2:Access to Information Chapter 3: Pairwise Sequence Alignment Welcome Chapter 4: BLAST Functional Chapter 5: Advanced Database Searching Welcome to the website for bioinformatics and Functional Genomics(2nd edition, Wiley-Blackwell, 2009). This site Chapter 6: Multiple sequence alignment features a complete bioinformatics teaching curriculu Chapter 7: Molecular phylogeny and powerpoints for an entire course taught at the Johns Hopkins School of Medicine and web site links organized by evolution chapter in the new textbook, bioinformatics and Functional Part II:Functional Genomics Genomics. A separate resource(at the Wiley Higher Chapter 8: Bioinformatic Approaches to Education site )is available to instructors, providing detailed solutions to problems. Chapter 9: Microarray data analysis Chapter 10: Proteomics Chapter 11: Protein Structure This book is organized into three parts. In part I( Chapters 1-7), we introduce /131

生物信息学与功能基因组学 http://www.bioinfbook.org 2 /131

面对堆积如山的生物学数据 品M TND 9 NTERPETITN M和D "命 /131

面对堆积如山的生物学数据 3 /131

主要内容 一、分子生物学数据库简介 NCB|简介 子数据库,数据格式,数据检索,工具软件

主要内容 • 一、分子生物学数据库简介 • 二、 NCBI 简介 • 子数据库，数据格式，数据检索，工具软件 4 /131

思考题:根据自己的知识和经验,你认为网上应该 会有哪些分子生物学的数据库?数据库中应该存放 哪些数据?应该提供什么类型的数据处理服务。 以下是一些关键词: DNA,RNA, Protein, Genome,物种,文献,疾病, 结构,蛋白质家族,Gene,染色体

• 思考题：根据自己的知识和经验，你认为网上应该 会有哪些分子生物学的数据库？数据库中应该存放 哪些数据？应该提供什么类型的数据处理服务。 • 以下是一些关键词： • DNA，RNA，Protein，Genome，物种，文献，疾病， 结构，蛋白质家族，Gene，染色体。。。 5 /131

分子生物学数据库 生物分子数据 分子生物学及其相关领 高速增长(HGP) 域研究人员需要迅速获 得最新实验数据 建立生物分子数据库 分子生物学数据库各自按照一定的目标收集和整理实验 数据,并提供相关的数据査询、数据处理的服务,并大 多提供网络服务。 6/131

一、分子生物学数据库 分子生物学数据库各自按照一定的目标收集和整理实验 数据，并提供相关的数据查询、数据处理的服务，并大 多提供网络服务。 建立生物分子数据库 生物分子数据 高速增长（HGP） 分子生物学及其相关领 域研究人员需要迅速获 得最新实验数据 6 /131

生物数据分类 生物信息数据库种类繁多,就目前来看,大体可以分为四 个大类: 1基因组数据库; 核酸和蛋白质一级结构序列数据库: 3生物大分子(主要是蛋白质) 三维空间结构数据库; 次数据库 4根据以上三类数据库和文献资料为基础构建的二次数据 库。也称专门数据库、专业数据库或专用数据库。 7/131

生物数据分类 • 生物信息数据库种类繁多，就目前来看， 大体可以分为四 个大类： • 1.基因组数据库； • 2.核酸和蛋白质一级结构序列数据库； • 3.生物大分子（主要是蛋白质） 三维空间 结构数据库； • 4.根据以上三类数据库和文献资料为基础构建的二次数据 库。也称专门数据库、专业数据库或专用数据库。 一 次 数 据 库 7 /131

生物分子数据类型 核酸序列数据 直观 蛋白质序列数据 生物分子信息 生物分子结构数据 最基本复杂 生物分子功能数据 /131

生物分子信息 生物分子结构数据 生物分子功能数据 最基本直观复杂 核酸序列数据 生物分子数据类型 蛋白质序列数据 8 /131

生物学数据库统计 《 Nucleic Acids research》杂志每年的第一期中详细介 绍最新版本的各种数据库。 ttp: //nar. oxfordjournals. org/ http://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/ 9/131

生物学数据库统计 • 《Nucleic Acids Research》杂志每年的第一期中详细介 绍最新版本的各种数据库。 • http://nar.oxfordjournals.org/ • http://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/ 9 /131

核酸序列数据库 2.RNA序列数据库 3.蛋白质序列数据库 4结构数据库 5.基因组数据库(非脊椎动物) 6.代谢酶相关产物 7.人类和其他脊椎动物基因组 8.人类基因和疾病 9.其他数据和其他基因表达数据库 0.蛋白组资源 11.其他分子生物学数据库 12.细胞器官数据库 13植物数据库 14免疫学数据库 10/131

• 1 核酸序列数据库 • 2. RNA 序列数据库 • 3. 蛋白质序列数据库 • 4.结构数据库 • 5. 基因组数据库（非脊椎动物） • 6. 代谢酶相关产物 • 7. 人类和其他脊椎动物基因组 • 8. 人类基因和疾病 • 9. 其他数据和其他基因表达数据库 • 10. 蛋白组资源 • 11. 其他分子生物学数据库 • 12.细胞器官数据库 • 13.植物数据库 • 14.免疫学数据库 10 /131