《生物信息学 Bioinformatics》课程教学资源（思维导图）第十一章 系统生物学

厂有向网络与无向网加8路生物网略定义二分网络路径与范离基因调控网络生物网络重白质互作网格常见生物网络及数报率代谢网路租信号代导网范相购网速信网选一月总期生物网络的可视化原理和工具网格可提化广连通度一聚类系款介数网的拓扑属性家密度拓扑系款一海净分布小包界无标度网络生物分子网络及特征Barabasi-Albertm自调控环模体一网老费体的能环模体单始入换体极扶性和层性-9MRE网络费体授实美法第2章生物统计学基础第1章生物信息学概念及发展历史机器学习第4章生物数据资激一最小生成时法第5章序列比对与分析连透性期法一蛋白质相互作用网络第3章深度学习与人工智能第6章基因组学关联草第11章系统生物学一模换化算法第10章表型组学基于基因表达数据基于转导圈子糖合位点第12章生物信息学应用第7章转录组学基于转录因子结合实验教提第13章生物信息学实验基础一基因调控网络重构相关性图日换型整合多种数据第8章转录调控和装现造传相率模型生物网络的构建一基于代谢途径数要率基于代谢物共现关系第9章蛋白质和代谢组学—代谢网络购建一基于相关性分析基于机器学习—重建优选的亮真在接节点制信号模块信号传导网络构建详报信号编入与信号给出连接来现行一布尔网落因机模型一生物系统建模的方法一微分方理一基于的来一基于系病动力学SBML生物系统建模SBGNBioPAX一系统生物学标准化方法CelMLFieldML SBSCL

生物系统建模 生物系统建模的方法 布尔网络 随机模型 微分方程 基于约束 基于系统动力学 系统生物学标准化方法 SBML SBGN BioPAX CellML FieldML SBSCL 生物网络的构建 蛋白质相互作用网络 最小生成树算法 连通性算法 模块化算法 基因调控网络重构 基于基因表达数据 基于转录因子结合位点 基于转录因子结合实验数据 整合多种数据 相关性 回归模型 概率模型 深度学习 代谢网络构建 基于代谢途径数据库 基于代谢物共现关系 基于相关性分析 基于机器学习 信号传导网络构建 重建优选的高度连接节点 识别信号模块 识别将信号输入与信号 输出连接起来的途径 生物分子网络及特征 网络的拓扑属性 连通度 聚类系数 介数 紧密度 拓扑系数 无标度网络 幂律分布 小世界 Barabási-Albert模型 模块性和层次性 网络模体 自调控环模体 前馈环模体 单输入模体 网络模体搜索算法 统计学 图论 机器学习 生物网络 生物网络定义 有向网络与无向网络 加权网络 二分网络 路径与距离 常见生物网络及数据库 基因调控网络 蛋白质互作网络 代谢网络和信号传导网络 细胞间通信网络 生物网络的可视化原理和工具 网络布局 网络可视化 第1章 生物信息学概念及发展历史 第4章 生物数据资源 第5章 序列比对与分析 第6章 基因组学 第10章 表型组学 第12章 生物信息学应用 第13章 生物信息学实验基础 关联章节 第11章 系统生物学 第2章 ⽣物统计学基础 第3章 深度学习与⼈⼯智能 第7章 转录组学 第8章 转录调控和表观遗传 第9章 蛋白质和代谢组学