《基因组学》第2章 基因组遗传图谱的制作

第2章基因组遗传图谱的制作 21遗传图谱与物理图谱 22遗传作图的标记 23遗传作图的原理 24分子图谱的构建

第2章 基因组遗传图谱的制作 基因组遗传图谱的制作 2.1 遗传图谱与物理图谱 2.2 遗传作图的标记 2.3 遗传作图的原理 2.4 分子图谱的构建

1遗传图谱与物理图谱 为何要绘制遗传图与物理图? 如果将每个碱基比作一个英文字母,以每10cm书写60 个字母计算,人类基因组30亿个碱基其长度可达5000 千米相当于从北美洲的蒙特利尔横跨大西洋到达伦敦 洛杉矶到达巴拿马 以上述标准编写书籍,可写成3000本每册200万字的著 作即米 即使简单的原核生物,以上述标准推算也足有1000千

2.1 遗传图谱与物理图谱 遗传图谱与物理图谱 为何要绘制遗传图与物理图？ ¾ 如果将每个碱基比作一个英文字母，以每10 cm书写60 个字母计算，人类基因组30亿个碱基其长度可达5000 千米相当于从北美洲的蒙特利尔横跨大西洋到达伦敦， 洛杉矶到达巴拿马 ¾ 以上述标准编写书籍，可写成3000本每册200万字的著 作 ¾ 即使简单的原核生物，以上述标准推算也足有1000千 米

基因组测序的策略 鸟枪法( shotgun method) 将基因组序列打断为小片段,对小片段进 行测序,通过计算机搜索重叠区从而构建主序 列,达到获得整个基因组序列的目的。 测序方法的局限:<750bp

基因组测序的策略 鸟枪法（shotgun method ） 将基因组序列打断为小片段，对小片段进 行测序，通过计算机搜索重叠区从而构建主序 列，达到获得整个基因组序列的目的。 测序方法的局限：<750 bp

四图是网全面的江

鸟枪法是获得较小的原核生物基因组序列的 标准方法,它不适用于分析较大的、复杂的真核 生物基因组。 对于真核生物基因组,首先需要建立起 个基因组图( genome ap),基因组图通 过显示DNA的位置特征为测序提供指导。 克隆重叠群法( clone contig 直接鸟枪法( directed shotgun)

鸟枪法是获得较小的原核生物基因组序列的 标准方法，它不适用于分析较大的、复杂的真核 生物基因组。 对于真核生物基因组，首先需要建立起 一个基因组图（genome map），基因组图通 过显示DNA的位置特征为测序提供指导。 克隆重叠群法（clone contig ） 直接鸟枪法 (directed shotgun)

重叠群( contig):指相互间存在重叠顺序的一组 克隆。 克隆重叠群法( clone contig):基因组被打断为 许多片段,建立重叠群,对每一片段进行鸟枪法测 序,一旦测序完成,便可将其定位在基因组图上的 正确位置。 直接鸟枪法( directed shotgun):首先进行全基 因组鸟枪法测序,再以基因组图的分子标记为起点 将鸟枪法DNA片段进行组装

重叠群（contig）：指相互间存在重叠顺序的一组 克隆。 克隆重叠群法（clone contig）：基因组被打断为 许多片段，建立重叠群，对每一片段进行鸟枪法测 序，一旦测序完成，便可将其定位在基因组图上的 正确位置。 直接鸟枪法（directed shotgun）：首先进行全基 因组鸟枪法测序，再以基因组图的分子标记为起点 将鸟枪法DNA片段进行组装

标记 A BC DE F G H 已作图的DNA片段一 全基因组 B 鸟枪法 B DE H 重叠群法 A BC DE F G H 直接鸟枪法

标记 A B A B D E H A B C D E F G H A B C D E F G H 已作图的DNA片段 全基因组 鸟枪法 重叠群法 直接鸟枪法

遗传图与物理图 遗传作图( Genetic mapping).用遗传学分析方 法将基因或其它DNA顺序标定在染色体上构建连 锁图。这一方法包括杂交实验,家系分析。遗传图 距单位为厘摩(cM),每单位厘摩定义为1%交换率。 物理作图( Physical mapping).用分子生物学 技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基 因组实际位置。物理图的距离依作图方法而异,如 辐射杂种( radiation hybrid)作图的计算单位为 厘镭(cR),限制性片段作图与克隆作图的图距为 DNA的分子长度,即碱基对

遗传图与物理图 遗传图与物理图 遗传作图（Genetic mapping ） 采用遗传学分析方 法将基因或其 它DNA顺序标定在染色体上构建连 锁图。这一方法包括杂交实验，家系分析。遗传图 距单位为厘摩 ( cM), 每单位厘摩定义为1%交换率。 物理作图（Physical mapping ） 采用分子生物学 技术直接 将DNA分子标记、基因或克隆标定在基 因组实际位置。物理图的距离依作图方法而异，如 辐射杂种 （radiation hybrid）作图的计算单位为 厘镭(c R ) , 限制性片段作图与克隆作图的图距为 DNA的分子长度，即碱基对

22遗传作图的标记 和AR化命 Setting flags on the genome

2.2 遗传作图的标记 遗传作图的标记 Setting flags on the genome

形态标记:指那些能够明确显示遗传多态性的 外观性状。如果蝇眼睛的颜色、植株的高矮等。 广义的形态标记那些借助简单测试即可识别的 某些形状如生理特性、抗病虫性等。 个遗传形状必须以两种表型( phenotype) 存在才能用于遗传学分析,每种表型是由相应 基因的不同等位基因( allele)所决定的

形态标记：指那些能够明确显示遗传多态性的 外观性状。如果蝇眼睛的颜色、植株的高矮等。 广义的形态标记那些借助简单测试即可识别的 某些形状如生理特性、抗病虫性等。 一个遗传形状必须以两种表型（phenotype） 存在才能用于遗传学分析，每种表型是由相应 基因的不同等位基因（allele）所决定的