复旦大学：《医学信息检索与利用》课程PPT教学课件（讲稿）第七章 生物信息学数据库 Bioinformatics database

第七章生物信息学数据库 Bioinformatics database ■◆ M图 20219/19 复旦大学图书馆文献检索教研室

2021/9/19 复旦大学图书馆文献检索教研室 第七章 生物信息学数据库 Bioinformatics database

概述 生物信息学的定义 生物信息学是一门交叉科学,它包含了生物信息 的获取、处理、存储、分发、分析和解释等在内的所 有方面,综合运用数学、计算机科学和生物学的各种 工具,来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 (美国人类基因组计划实施五年后的总结报告) 20219/19 复旦大学图书馆文献检索教研室

2021/9/19 复旦大学图书馆文献检索教研室 一、概述 生物信息学的定义 生物信息学是一门交叉科学，它包含了生物信息 的获取、处理、存储、分发、分析和解释等在内的所 有方面，综合运用数学、计算机科学和生物学的各种 工具，来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。 （美国人类基因组计划实施五年后的总结报告）

生物信息学数据库种类: 《 Nucleic Acids research》杂志每年的第 期中详细介绍最新版本的各种数据库 在200年1月1日出版的28卷第一期115种通 用和专用数据库。 ■至2013年,精选的生物信息学数据库总数已 达1512个,(2011年1300个)。 20219/19 复旦大学图书馆文献检索教研室

2021/9/19 复旦大学图书馆文献检索教研室 二.生物信息学数据库种类： ◼ 《Nucleic Acids Research》杂志每年的第一 期中详细介绍最新版本的各种数据库。 ◼ 在2000年1月1日出版的28卷第一期115种通 用和专用数据库。 ◼ 至2013年，精选的生物信息学数据库总数已 达1512个，（2011年1300个）

《 Nucleic acids research》杂志 http://nar.oxfordjournals.org, 20219/19 复旦大学图书馆文献检索教研室

2021/9/19 复旦大学图书馆文献检索教研室 ◼ 《Nucleic Acids Research》杂志 http://nar.oxfordjournals.org/

http://www.oxfordjournals.org/n ar/database/ c/ our Oxford Journals Life Sciences Nucleic Acid. 合··口·页面问安全S、工具0) OXFORD JOURNALS CONTACT US MY BASKET MY ACCOUNT Nucleic Acids Research ABOUT THIS JOURNAL CONTACT THIS JOURNAL SUBSCRIPTIONS CURRENT ISSUE ARCHIVE SEARCH Oxford Journals Life Sciences Nucleic Acids Research Database Summary Paper Categories 2013 NAR Database Summary paper Category list Nucleotide Sequence Databases Search Summary Papers NA sequence databases Protein sequence databases Structure Databases Metabolic and Signaling pathways Human and other Vertebrate Gen Human Genes and Diseases Microarray Data and other Gene Expression Databases Other Molecular Biology Databases Organelle databases Plant databases mmunological databases 20219/19 复旦大学图书馆文献检索教研室

2021/9/19 复旦大学图书馆文献检索教研室 http://www.oxfordjournals.org/n ar/database/c/

核酸序列研究数据库 ouP Oxford Journals I Life Sciences I Nucleic Acid OXFORD JOURNALS CONTAC Nucleic Acids research ABOUT THIS JOURNAL CONTACT THIS JOURNAL SUBSCRIPTIONS CURRENT ISSUE ARCHIVE SEARCH Oxford Journals Life Sciences Nucleic Acids Research Database Summary Paper Categorie 2013 NAR Database Summary Paper Category List Compilation Paper b Category/Paper List Nucleotide Sequence Databases Search Summary Papers International Nucleotide Sequence Database Collaboration Coding and non-coding DNA Gene structure, introns and exons, splice sites Transcriptional regulator sites and transcription factors RNA sequence databases Protein sequence databases Structure Databases Genomics Databases (non-vertebrate) Metabolic and Signaling pathways Human and other Vertebrate Genomes Human Genes and Diseases Microarray Data and other Gene Expression Databases Proteomics Resources Other Molecular Biology Databases Organelle databases Plant databases Immunological databases 20219/19 复旦大学图书馆文献检索教研室

2021/9/19 复旦大学图书馆文献检索教研室 核酸序列研究数据库

相关数据库及其主要分类 1.核酸序列数据库 2.RNA序列数据库 3.蛋白质序列数据库 4.结构数据库 5.基因组数据库(非脊椎动物) 6.代谢酶相关产物 7.人类和其他脊椎动物基因组 8.人类基因和疾病 9.其他数据和其他基因表达数据库 10.蛋白组资源 11.其他分子生物学数据库 12细胞器官数据库 13植物数据库 14免疫学数据库 15细胞生物学数据库(2012年新增) 20219/19 复旦大学图书馆文献检索教研室

2021/9/19 复旦大学图书馆文献检索教研室 相关数据库及其主要分类 1.核酸序列数据库 2. RNA 序列数据库 3. 蛋白质序列数据库 4. 结构数据库 5. 基因组数据库（非脊椎动物） 6. 代谢酶相关产物 7. 人类和其他脊椎动物基因组 8. 人类基因和疾病 9. 其他数据和其他基因表达数据库 10. 蛋白组资源 11. 其他分子生物学数据库 12.细胞器官数据库 13.植物数据库 14.免疫学数据库 15.细胞生物学数据库（2012年新增）

核酸序列数据库 ■1. Genbank美国国家卫生研究院国家生物技术信息中心 http://www.ncbinim.nih.gov 2Embl欧洲分子生物实验室htp://www.embl.org/ 3DDBJ日本核酸数据库htp:// Www.ni].ac.jp 内容包括:世界上所有已公布的国际核酸序列委员会协作组核 酸序列、编码和非编码DNA、基因的结构,内含子和外显子剪 接位点、转录调节点和转录因子报告和相关注释 20219/19 复旦大学图书馆文献检索教研室

2021/9/19 复旦大学图书馆文献检索教研室 核酸序列数据库 ◼ 1. Genbank美国国家卫生研究院国家生物技术信息中心 http://www.ncbi.nlm.nih.gov ◼ 2.Embl 欧洲分子生物实验室http://www.embl.org/ ◼ 3.DDBJ日本核酸数据库http://www.nij.ac.jp ◼ 内容包括：世界上所有已公布的国际核酸序列委员会协作组核 酸序列、编码和非编码DNA、基因的结构，内含子和外显子剪 接位点、转录调节点和转录因子报告和相关注释

主要蛋白质序列数据库 ■ SWISS-PROT(瑞士日内瓦大学)蛋白质序列数据库 http://www.Expasy.ch 内容包括序列及功能信息、蛋白识别、蛋白质结构预测 及其他功能 NCBI蛋白质数据库包括所有蛋白质序列,及其翻译产 物序列 http://www.ncbi.nlmnihgov/entrez PIR蛋白质序列信息资源库(美、德) http://pir.georgetown.edu 20219/19 复旦大学图书馆文献检索教研室

2021/9/19 复旦大学图书馆文献检索教研室 主要蛋白质序列数据库 ◼ SWISS-PROT （瑞士日内瓦大学）蛋白质序列数据库 http://www.Expasy.ch 内容包括序列及功能信息、蛋白识别、蛋白质结构预测 及其他功能 ◼ NCBI 蛋白质数据库 包括所有蛋白质序列，及其翻译产 物序列 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez ◼ PIR 蛋白质序列信息资源库（美、德） ◼ http://pir.georgetown.edu

主要蛋白质结构数据库 PDB Protein databank,美国 Brookhaven国家实验室管理生 物大分子三维空间结构原子坐标数据库 http://www.rcsb.org/pdb u NCBI STRUCTURE MMDB( Molecular Modelling Database),包含了从PDB获取的实验确定的生物高聚物 结构分子模型数据库 SCOP( Structural classification of proteins)英国医学研究 会(MRC)剑桥分子生物学实验室开发的蛋白质结构分类 数据库。包含描述蛋白质域的家族、超家族、折叠、等级 等信息。htp://cop. mrc-Imb cam ac uk/scop/ 20219/19 复旦大学图书馆文献检索教研室

2021/9/19 复旦大学图书馆文献检索教研室 主要蛋白质结构数据库 ◼ PDB Protein DataBank，美国Brookhaven国家实验室管理生 物大分子三维空间结构原子坐标数据库 http://www.rcsb.org/pdb/ ◼ NCBI STRUCTURE MMDB （Molecular Modelling DataBase），包含了从PDB获取的实验确定的生物高聚物 结构分子模型数据库 ◼ SCOP （Structural classification of proteins） 英国医学研究 会（MRC）剑桥分子生物学实验室开发的蛋白质结构分类 数据库。包含描述蛋白质域的家族、超家族、折叠、等级 等信息。 http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/