山东大学医学院：《生物信息学 Bioinformatics》课程教学资源（PPT课件讲稿）第二章 生物数据库（主讲：巩晶）

CRc 坐 Cancer Research Center Shandong University 第二章 生物数据库 ①

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3 2.1为什么需要生物数据库？ 什么 东东? gcattac ttgatctaatca ataggatctaatctt tactagaacgcc ttgatctaatca ttgcaa

CRcI 坐 Cancer Research Center Shandong University 21为什么需要生物数据库? 这是HIV1病毒 的整个基因组 包含9752个碱基, 构成9个基因。 gcattac ttgatctaatca 9p120 Protease ataggatctaatctt Glycoprote tactagaacgcc Lipid ttgatctaatca tgca

4 这是HIV1病毒 的整个基因组， 包含9752个碱基， 构成9个基因。 2.1为什么需要生物数据库？ gcattac ttgatctaatca ataggatctaatctt tactagaacgcc ttgatctaatca ttgcaa

CRcI 坐 Cancer Research Center Shandong University 21为什么需要生物数据库? 人基因组:3Gbp=30000000bp 5000bp/页 600页/书 1000本3cm厚的书 60000页 1000书 30m长的书架 26.6me 超过1000个物种: LIBRARY 1000个30m长的书架 200个五层的书架 (6m/层 450,000本书

5 人基因组 : 3 Gbp = 3,000,000,000 bp 5000bp/页 600页/书 1000 本 3cm厚的书 600,000 页 1000 书 = 30m长的书架 超过1000个物种: 1000 个 30m长的书架 = 200 个 五层的书架 （6m/层） 450,000 本书 26.6m = 2 x 2.1为什么需要生物数据库？

CRcI 坐 Cancer Research Center Shandong University 21为什么需要生物数据库? 10c 所有测序的基因组: 收集 访问 00 更新 生物数据库: 被组织起来 的大量生物 管理 数据,这些 数据通过计 算机可以被 a回 方便的访问、 DATABASE MANAGEMEN 管理及更新

6 10cm 14.6cm x 1000 所有测序的基因组： 26.6m 收集 访问 管理 更 新 2.1为什么需要生物数据库？ 生物数据库： 被组织起来 的大量生物 数据，这些 数据通过计 算机可以被 方便的访问、 管理及更新

CRcI 坐 Cancer Research Center Shandong University 21为什么需要生物数据库? 天文数字单位: 尧 yotta10000000000000000000000 泽 zetta 1000000000000000000000 艾exa 1000000000000000000 拍peta 10000000000000(千万亿) 太tera 1000000000000(万亿)。 吉giga 1000000000(十亿) 兆 mega 1000000(百万) 0 千ki1o 1000 百 hecto100 十 deca 10 总 个 mono 1

7 天文数字单位： 尧 yotta 1000000000000000000000000 泽 zetta 1000000000000000000000 艾 exa 1000000000000000000 拍 peta 1000000000000000 （千万亿） 太 tera 1000000000000 （万亿） 吉 giga 1000000000 （十亿） 兆 mega 1000000 （百万） 千 kilo 1000 百 hecto 100 十 deca 10 个 mono 1 2.1为什么需要生物数据库？

CRcI 坐 Cancer Research Center Shandong University 22生物数据库的分类 >2000 核酸数据库蛋白质数据库 级核酸数据库 一级蛋白质数据库 NCBI GenBankEML 蛋白质序列数据库蛋白质结构数据库 ENA INSDC swissprot TEMBLEPDI E assembl PROTEIN DAT UniProt DDBJ DNA Data Bank of Japan Protein Information Resource 二级核酸数据库 WombAt 公N 二级蛋白质数据库 SCHe PRINTS ma Fly Base Publ led.gov CAT:P STR小NG UniGene OMIM麟≥ 专用数据库 prosite pfam 8

8 蛋白质结构数据库 蛋白质数据库 一级蛋白质数据库 INSDC UniProt 蛋白质序列数据库 二级蛋白质数据库 核酸数据库 一级核酸数据库 二级核酸数据库 专用数据库 >2000 2.2生物数据库的分类

CRcI 坐 Cancer Research Center Shandong University 22生物数据库的分类 >2000 核酸数据库蛋白质数据库 级核酸数据库 一级蛋白质数据库 NCBI GenBankEML 蛋白质序列数据库蛋白质结构数据库 ENA INSDC swissprot TEMBLEPDI E assembl PROTEIN DAT UniProt DDBJ DNA Data Bank of Japan Protein Information Resource 二级核酸数据库 二级蛋白质数据库 WombAt rnot commercio SCHe PRINTS ma Fly Base PubMEd.go CAT:P STR小NG UniGene OMIM己m 专用数据库 prosite pfam 9

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CRcI 坐 Cancer Research Center Shandong University 23文献数据库 Pubmed Im, your sequence looks pretty much like a 基因序列 dUTPase 生物信息学 专家 可啥是 太棒了!原来 duTPase 是 dUTPase 啊! 10

10 基因序列 生物信息学 “专家” 2.3 文献数据库PubMed

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11 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 2.3 文献数据库PubMed