复旦大学：《基因组学》课程教学资源（课件讲稿）第03章 物理图绘制

第3章物理图绘制

第3章 物理图绘制

什么是基因组物理图? Physical map 采用非遗传重组的方法以DNA碱基顺序为图距单 位绘制的位于染色体上基因线性排列次序的图譜 A map of the linear order of genes on a chromosome with units indicating their distances determined by methods other than genetic recombination 见:维基百科

什么是基因组物理图? Physical map: 采用非遗传重组的方法以DNA碱基顺序为图距单 位绘制的位于染色体上基因线性排列次序的图譜. A map of the linear order of genes on a chromosome with units indicating their distances determined by methods other than genetic recombination. 见：维基百科

物理图的类别 )限制性酶切位点物理图 2)克隆叠连群物理图 3)染色体荧光标记原位杂交物理图 4)STS分子标记物理图

物理图的类别 1) 限制性酶切位点物理图 2) 克隆叠连群物理图 3) 染色体荧光标记原位杂交物理图 4) STS分子标记物理图

物理图的作图方法 1)限制性作图( Restriction mapping)它是将限制性 酶切位点标定在DNA分子的相对位置。 2)依靠克隆的基因组作图( Clone- based mapping)根 据克隆的DNA片段之间的重叠顺序构建叠连群 ( Contig)绘制物理连锁图。 3)荧光标记原位杂交( Fluorescent in situ hybridization,FISH)将荧光标记的探针与染色 体杂交确定分子标记的所在位置 4)顺序标签位点( Sequence tagged site,sTs)作图 通过PCR或分子杂交将小段单拷贝DNA顺序定位 在染色体区段中

物理图的作图方法 1）限制性作图（Restriction mapping） 它是将限制性 酶切位点标定在DNA分子的相对位置。 2）依靠克隆的基因组作图 (Clone-based mapping) 根 据克隆的DNA片段之间的重叠顺序构建叠连群 (Contig)绘制物理连锁图。 3）荧光标记原位杂交（Fluorescent in situ hybridization, FISH） 将荧光标记的探针与染色 体杂交确定分子标记的所在位置。 4）顺序标签位点（Sequence tagged site, STS）作图 通过PCR或分子杂交将小段单拷贝DNA顺序定位 在染色体区段中

限制性作图 ( Restriction mapping) 1)通过实验将限制性酶切位点标定在 DNA分子的相对位置 2)根据DNA顺序计算机标示电子酶切 位点物理图

限制性作图--- （Restriction mapping） 1) 通过实验将限制性酶切位点标定在 DNA分子 的相对位置. 2) 根据DNA顺序计算机标示电子酶切 位点物理图

限制性作图一小分子DA 1)DNA限制性酶切片段电泳图 EcoR I BamhI Hi nd‖ E/BB/H E/H 4 3.0 1.6 1.6 1.O 2)推测的DNA限制性物理图 Sma HindI I I BamH1 ECOR I HindIII Ecor I Sma I 1.6 0.6

限制性作图—小分子DNA

DNA分子电子酶切物理图 水稻BAC克隆AP00724Sa∥位点电子酶切物理图 16. 29 40 46 MIP1 LRR-Kinase gene cluster 117 140145149 53161kb 17 475458 106 146148 16621 cgatgtccat gaaggcgagt gcggagccta ctccgcctca cgcaccttgg ttggcaaggc 16681 ctttcgtcag ggtttctatt ggctgacggc tcttaacgac gcggtcgacc tggtccggcg 16741 gtgcagggcg tgccagttcc acgccaggca aacccatcag ccggcccagg ccctgcagac 16801 catacctctt tcgtggccgt ttgctgtctg ggggctcgat atcctgggtc cgttcaggcg 16861 ggccccgggc gggttcgagt atctgtatgt cgctgtcgac aagttcacta agtggcccga 16921 ggcttatccg gtcatcaaga tcgataagca ctccgcgctt aaattcatca gaggcatcac 注:红色标示的为水稻BAC克隆AP007224Sm酶切位点 如果DNA顺序是已知的,可以通过计算机软件搜寻DNA顺序中 不同限制酶酶切位点绘制DNA分子限制性物理图

DNA分子电子酶切物理图 16621 cgatgtccat gaaggcgagt gcggagccta ctccgcctca cgcaccttgg ttggcaaggc 16681 ctttcgtcag ggtttctatt ggctgacggc tcttaacgac gcggtcgacc tggtccggcg 16741 gtgcagggcg tgccagttcc acgccaggca aacccatcag ccggcccagg ccctgcagac 16801 catacctctt tcgtggccgt ttgctgtctg ggggctcgat atcctgggtc cgttcaggcg 16861 ggccccgggc gggttcgagt atctgtatgt cgctgtcgac aagttcacta agtggcccga 16921 ggcttatccg gtcatcaaga tcgataagca ctccgcgctt aaattcatca gaggcatcac 注: 红色标示的为水稻BAC克隆AP007224 SalI酶切位点. 如果DNA顺序是已知的, 可以通过计算机软件搜寻DNA顺序中 不同限制酶酶切位点绘制DNA分子限制性物理图

大分子DNA物理图绘制

大分子DNA物理图绘制

大分子DA的研究策略与方法 1)什么是大分子DNA:百万碱基对,Mb 2)大分子DNA研究的面临的问题: 易断裂,难分离,难克隆 3)大分子DNA的研究方法: 1.制备--琼脂糖包埋法 2.酶切-稀有酶切位点限制酶 3.分离-脉冲电泳分离 4.克隆-载体设计

大分子DNA的研究策略与方法 1) 什么是大分子DNA: 百万碱基对, Mb 2) 大分子DNA研究的面临的问题: 易断裂, 难分离, 难克隆 3)大分子DNA的研究方法: 1. 制备---琼脂糖包埋法 2. 酶切---稀有酶切位点限制酶 3. 分离---脉冲电泳分离 4. 克隆---载体设计

稀有切点限制性内切酶的应用 1)什么是稀有切点内切酶:在基因组DNA顺序中只 有很少可识别序列的限制酶,一般识别位点在6-8 碱基对之间,并含有高G/C比 2)选用稀有切点限制酶注意事项 a)识别位点的非特异顺序, G ANTC-(Him), -GCCNnnn NGCC-BglI b)高等生物基因组一般AT比较高,应选G/C 高比例限制酶,如- GC GGCCGC(Not c)基因组甲基化状态,高等生物基因组DNA甲 基化比例很高,但果蝇和酵母基因组无甲基化

稀有切点限制性内切酶的应用 1) 什么是稀有切点内切酶: 在基因组DNA顺序中只 有很少可识别序列的限制酶, 一般识别位点在6-8 碱基对之间, 并含有高G/C比. 2) 选用稀有切点限制酶注意事项: a)识别位点的非特异顺序, -G ANTC- (HinfI), -GCCNNNN NGCC- (BglI) b)高等生物基因组一般A/T比较高, 应选G/C 高比例限制酶, 如-GC GGCCGC-(NotI) c) 基因组甲基化状态, 高等生物基因组DNA甲 基化比例很高, 但果蝇和酵母基因组无甲基化