《生物信息学》课程教学资源（中译本）附录1 词汇表

咐录词汇表 页码,1/ 附录1词汇表 al gori thm(算法):为完成一个特定任务而进行的一系列动作(例如,一些计算步骤) browser(浏览器):用来访问万维网的程序,超文本标识语言(HTM)使得浏览器可以在 不同的计算机平台上以相同的方式来显示一个网页。 characters and character states(特性及状态):在系统发生学中,特性指不同物种之 间的同源的特征。这些特征在某个个体上的具体表现称为状态。例如,对于“发色”,可以 有“金色”,“红色”,“黄色”等几种状态。在分子生物学中,状态可以是4种核苷酸 (A,T,C,G)之一,或20种氨基酸之一。也有一些作者将” character”定义为状态。 client(客户端):与远端计算机(服务器)交互的一台计算机或计算机上运行的软件。 descri ptor(描述符):关于一个序列或序列集的信息,它所包含的内容范围取决于其在记 录中的位置。对一个序列集定义描述符可以避免在每条记录中重复拷贝冗余的信息。 domai n name(域名):指因特网组织结构的某个层次,用来表示网络主机并对其分类。顶 级域名表示站点的类型或主机所在的国家。 dowηload(下载):将一个文件通过FTP从远端主机传到本地计算机。 e-mai(电子邮件):指在计算机上编辑并通过因特网在几秒钟之内传送到其他地方的消 息 EST( Espressed sequence tag:表达序列标签):EST是从mRNA(cDNA)上生成的大量很短 的序列(30-500b0)。它们代表了在特定组织或发育阶段表达的基因。它们代表在给定的 CDNA文库中的表达标签(有些是编码的,有些不是)。这些记录通常很少有注释,只有文库 和生物来源信息。很多数据库中都有这样的记录,包括DBJ/EMBL/ Gen Bank, dbEST, Uni gene (见第二章和第四章)。参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbest/可以获得更多的信息。 FAQ(常见问题) 个计算机文件,包含了一些常见的问题。确切的说,是一系列编辑好 的问题及相应的回答。这有助于新手使用计算机资源,例如邮件列表或新闻组。 feature(特性):在给定序列中的特定位置出现的注释 fi rewal丨(防火墙):将公司或组织的内部网络与公共网络隔离开,这样可以防止对私有计 算机系统的未授权访问 FTP( File transfer protocol:文件传输协议):将文件在主机之间传输的方法。 Gopher:一个文档发布系统,允许检索和显示文本文件。 GSs( Genome survey sequences:基因组综述序列):DBJ/EMBL/ GenBank中的这个部分 与EST很相似,不同之处只在于这些序列是来自于基因组,而不是cDNA(mRNA)。GSs部分包 含(但不限于)下列类型的数据:随机的基因组序列片段, cosmi d/BAC/YAC末端序列(这些 可能但并不必须与染色体有关),外显子标记的基因组序列,Au PCR序列。参考 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbgss/可以获得更多的信息。 GUl( Graphi cal uer interface:图形用户界面):指依靠图形和图标来指导用户和应用程 序进行交互的前端软件。 file://E:\wcb\生物信息学(中译本)\附录词汇表.htm 2005-1-18

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咐录词汇表 页码,2/ heuri stic al gori thm(启发式算法):解决不可能和很难获得精确解的问题的一种经济实 用的策略。启发式方法并不保证能得到最优的或“真正”的解。 homol ogous(同源的):在系统发生学中,同源指不同个体之间由共同的祖先继承而来的相 同的特征。在分子生物学中,同源通常简单地指相似性,而不考虑遗传上的联系 homopl asy(非同源相似,平行演化):由独立的进化过程而产生的相似性,并不代表共同 的系统发生学起源。 host(主机):在因特网上可以由lP地址唯一定位的计算机 HTGS/HTG Hi gh-throughput equences:高通量基因组序列(HTG是 DDBJ/EMBL/ GenBank的HGS部分)。世界上许多测序中心正在对人类及其它高等真核生物基因 组进行大规模测序工作。一般认为将这些测序工作的中间结果放在数据库中一个单独的部分 比较好,因为通常这些未完成的记录中存在许多空缺,准确性比较低,而且缺少注释,还达 不到DDBJ/EMBL/GenBank记录所要求的标准。参考http://www.ncbi.nlm.nih.gov/htgS/可以 获得更多的信息。 HTML( Hypertext markup I anguage:超文本标识语言):专门描述万维网文档的基于文本 的标准语言。HTM文件由浏览器来解释和执行。 hyperl i nk(超级链接):万维网文档中可以用鼠标选中的文字或图形。不论在任何地方 点击一个超级链接可以使用户转移到同一页面的不同部分或另一个页面。 hyper text(超级文本):在万维网页面中用不同的颜色或下划线来区分,并且可以作为超 级链接使用的文字 i ndel(插入或删除的缩略语):在多重序列比对中,指那些未确定是由于插入还是删除而 造成的序列长度变化的部分 Internet(因特网):一个将计算机互相连接的网络系统,用于在主机之间传送文件和消 息 iP address(P地址):因特网上唯一标识计算机主机的数字地址。 intranet(内部网):一个企业或组织的内部计算机网络。内部网通常不与因特网相连,或 在防火墙保护下与因特网相连。 Java:由SUN公司开发的一种编程语言,允许小的应用程序( appl ets)在不同的计算机上运 行。 Java appl ets通常在用户点击网页的超级链接时被调用 LAN( Local area network:局域网):连接小范围(例如几间办公室或一组建筑之内)的 计算机网络。 mol ecu ar cl ock(分子钟) 种假说,认为在进化过程中核苷酸或氨基酸序列以大致固 定的速率发生替换。这样,给定标准时间和分子钟,序列的差异度就可以用来计算分子突变 发生的时间 mutation studi es(突变分析):在 Sequi n中,对同一物种甚至同一个体的相同基因的序列 集进行分析,以分离和确定几种突变体。 ortho ogs/ or thol ogous(直向同源):共同祖先的直接后代(没有发生基因复制事件)之 file://E:\wcb\生物信息学(中译本)\附录词汇表.htm 2005-1-18

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咐录词汇表 页码,3/ 间的同源基因称为直向同源。参见“ homol ogous"和“ paral ogs”。 PAM matrix:PAM( percent accepted mutati on:默认突变几率)和BL0SUM( bl ocks substi tuti on matrⅰκ:大块替换矩阵)是定义210种可能的氨基酸替换分数的矩阵。这些 分数是通过对数据库中的序列进行比对,计算其替换频率而经验性地获得的,它通常反应了 定的物理化学性质。例如,亮氨酸和异亮氨酸具有相似的亲水性和大小,它们之间的替换 分数就比亮氨酸与谷氨酸之间的替换分数要高。 paral ogs/ paral ogous(共生同源):两个物种A和B的同源基因,分别是共同祖先基因组中 由复制事件而产生的不同拷贝的后代,这被称为共生同源基因。参见“ homol ogous"和 ortho ogs"。 phyl ogenetic studies(系统发生研究):在 Sequin中,指不同物种之间个体的一组相同的 基因,假设这些个体不能相互杂交。 Sequin不允许输入一个单独的生物名称,除非此生物已 在 Defi ni ti on行中编码。实际上,它代表了设定正确的遗传编码的控制方式。 pl atform(平台) 恰当地说,操作系统在计算机上运行应用软件(例如UNX或 Wi ndows95)。而平台通常指计算机的类型,例如 Maci tosh或者PC兼容机 popul ati on studies(种群研究):在 Sequi n中,指同一种群内个体间相同基因的一个序列 集,假设这些个体可以相互杂交。 Sequi n允许输入单独的生物名称,但为了程序正确运行, 还必须为每个序列提供一些用以区分序列来源的信息,例如“ strain"," cl one”或者 i sol ate"。 protei n name(蛋白质名称):在序列记录中,表明蛋白质特征的域。 protei n descri ption(蛋白质描述):在序列记录中,当蛋白质名称未知时就必须使用蛋 白质描述。 server(服务器) 台处理远端客户机发来的请求的计算机。 site(位点):在氨基酸或核苷酸序列比对中的一列残基。在同一位点上的残基被认为是同 源的。 spam:向新闻组或者大量电子邮件用户发送与他们无关的或者根本不感兴趣的邮件广播。类 似于发送垃圾邮件 STS( Sequenced tagged si te:测序标签位点):在实验过程中,STS是可作为PCR引物对的 单拷贝序列,用以在作图过程中在基因组上标定一个单独的位置。数据库中的这个部分也包 含了不同的STS位点,这有利于将STS与数据库中其他部分的数据进行比较,找到未知序列与 已知基因的联系。参考htp://ww.ncbi.nm.nih.gov/ dusts/可以获得更多的信息 Tel net:一种因特网协议或应用程序,可以让用户连接并使用远端的计算机,就好象他物理 上在直接操作这台计算机硬件一样。 URL( Uni form resource locator:统一资源定位符):在使用因特网浏览器时,URL表示正 在访问的站点类型(FTP, Gopher或Web),以及这个站点的位置。参阅表1.2 user(用户):指正在使用客户机-服务器或者其他类型软件的这个人。 Worl d wi de web(万维网):一个文档发布系统,可以处理各种非文字的介质 file://E:\wcb\生物信息学(中译本)\附录词汇表.htm 2005-1-18

䯈ⱘৠ⑤෎಴⿄ЎⳈ৥ৠ⑤DŽখ㾕“homologous”੠“paralogs”DŽ PAM matrix˖ PAM˄percent accepted mutation˖咬䅸さব޴੠˅⥛BLOSUM˄blocks substitution matrix˖໻ഫ᳓ᤶⶽ䰉˅ᰃᅮНˎˍˌ⾡ৃ㛑ⱘ⇼෎䝌᳓ᤶߚ᭄ⱘⶽ䰉DŽ䖭ѯ ߚ᭄ᰃ䗮䖛ᇍ᭄᥂ᑧЁⱘᑣ߫䖯㸠↨ᇍˈ䅵ㅫ݊᳓ᤶ乥⥛㗠㒣偠ᗻഄ㦋ᕫⱘˈᅗ䗮ᐌডᑨњ ϔᅮⱘ⠽⧚࣪ᄺᗻ䋼DŽ՟བˈ҂⇼䝌੠ᓖ҂⇼䝌݋᳝ⳌԐⱘ҆∈ᗻ੠໻ᇣˈᅗӀП䯈ⱘ᳓ᤶ ߚ᭄ህ↨҂⇼䝌Ϣ䈋⇼䝌П䯈ⱘ᳓ᤶߚ᭄㽕催DŽ paralogs/paralogous˄݅⫳ৠ⑤˅˖ ϸϾ⠽⾡$੠%ⱘৠ⑤෎಴ˈ߿ߚᰃ݅ৠ⼪ܜ಴෎㒘Ё ⬅໡ࠊџӊ㗠ѻ⫳ⱘϡৠᣋ䋱ⱘৢҷˈ䖭㹿⿄Ў݅⫳ৠ⑤෎಴DŽখ㾕“homologous”੠ “orthologs”DŽ phylogenetic studies˄㋏㒳থ⫳ⷨお˅˖೼SequinЁˈᣛϡৠ⠽⾡П䯈Ͼԧⱘϔ㒘Ⳍৠⱘ ෎಴ˈ؛䆒䖭ѯϾԧϡ㛑ⳌѦᴖѸDŽSequinϡܕ䆌䕧ܹϔϾऩ⣀ⱘ⫳⠽ৡ⿄ˈ䰸䴲ℸ⫳⠽Ꮖ ೼Definition㸠Ё㓪ⷕDŽᅲ䰙Ϟˈᅗҷ㸼њ䆒ᅮℷ⹂ⱘ䘫Ӵ㓪ⷕⱘ᥻ࠊᮍᓣDŽ platform˄ᑇৄ˅˖ ᙄᔧഄ䇈ˈ᪡԰㋏㒳೼䅵ㅫᴎϞ䖤㸠ᑨ⫼䕃ӊ˄՟བUNIX៪ Windows95˅DŽ㗠ᑇৄ䗮ᐌᣛ䅵ㅫᴎⱘ㉏ൟˈ՟བMacintosh៪㗙PCݐᆍᴎDŽ population studies˄⾡㕸ⷨお˅˖೼SequinЁˈᣛৠϔ⾡㕸ݙϾԧ䯈Ⳍৠ෎಴ⱘϔϾᑣ߫ 䲚ˈ؛䆒䖭ѯϾԧৃҹⳌѦᴖѸDŽSequinܕ䆌䕧ܹऩ⣀ⱘ⫳⠽ৡ⿄ˈԚЎњ⿟ᑣℷ⹂䖤㸠ˈ 䖬ᖙ乏Ў↣Ͼᑣ߫ᦤկϔѯ⫼ҹऎߚᑣ߫ᴹ⑤ⱘֵᙃˈ՟བ“strain”ˈ“clone”៪㗙 “isolate”DŽ protein name˄㲟ⱑ䋼ৡ⿄˅˖೼ᑣ߫䆄ᔩЁˈ㸼ᯢ㲟ⱑ䋼⡍ᕕⱘඳDŽ protein description˄㲟ⱑ䋼ᦣ䗄˅˖ ೼ᑣ߫䆄ᔩЁˈᔧ㲟ⱑ䋼ৡ⿄᳾ⶹᯊህᖙ乏Փ⫼㲟 ⱑ䋼ᦣ䗄DŽ server˄᳡ࡵ˖˅఼ϔৄ໘⧚䖰ッᅶ᠋ᴎথᴹⱘ䇋∖ⱘ䅵ㅫᴎDŽ site˄ԡ⚍˅˖೼⇼෎䝌៪Ḍ㣋䝌ᑣ߫↨ᇍЁⱘϔ߫⅟෎DŽ೼ৠϔԡ⚍Ϟⱘ⅟෎㹿䅸Ўᰃৠ ⑤ⱘDŽ spam˖৥ᮄ䯏㒘៪㗙໻䞣⬉ᄤ䚂ӊ⫼᠋থ䗕ϢҪӀ᮴݇ⱘ៪㗙ḍᴀϡᛳ݈䍷ⱘ䚂ӊᑓ᪁DŽ㉏ ԐѢথ䗕ൗഒ䚂ӊDŽ STS˄Sequenced tagged site˖⌟ᑣᷛㅒԡ⚍˅˖೼ᅲ偠䖛⿟ЁˈSTSᰃৃ԰ЎPCRᓩ⠽ᇍⱘ ऩᣋ䋱ᑣ߫ˈ⫼ҹ೼԰೒䖛⿟Ё೼෎಴㒘ϞᷛᅮϔϾऩ⣀ⱘԡ㕂DŽ᭄᥂ᑧЁⱘ䖭Ͼ䚼ߚгࣙ ৿њϡৠⱘSTSԡ⚍ˈ䖭᳝߽ѢᇚSTSϢ᭄᥂ᑧЁ݊Ҫ䚼ߚⱘ᭄᥂䖯㸠↨䕗ˈᡒࠄ᳾ⶹᑣ߫Ϣ Ꮖⶹ෎಴ⱘ㘨㋏DŽখ㗗http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/ ৃҹ㦋ᕫ᳈໮ⱘֵᙃDŽ Telnet˖ϔ⾡಴⡍㔥ण䆂៪ᑨ⫼⿟ᑣˈৃҹ䅽⫼᠋䖲᥹ᑊՓ⫼䖰ッⱘ䅵ㅫᴎˈህད䈵Ҫ⠽⧚ Ϟ೼Ⳉ᥹᪡԰䖭ৄ䅵ㅫᴎ⹀ӊϔḋDŽ URL˄Uniform resource locator˖㒳ϔ䌘⑤ᅮԡヺ˅˖೼Փ⫼಴⡍㔥⌣㾜఼ᯊˈURL㸼⼎ℷ ೼䆓䯂ⱘキ⚍㉏ൟ˄FTPˈGopher៪Web˅ˈҹঞ䖭Ͼキ⚍ⱘԡ㕂DŽখ䯙㸼1.2DŽ user˄⫼᠋˅˖ᣛℷ೼Փ⫼ᅶ᠋ᴎ᳡ࡵ៪఼㗙݊Ҫ㉏ൟ䕃ӊⱘ䖭ϾҎDŽ World Wide Web˄ϛ㓈㔥˅˖ϔϾ᭛ḷথᏗ㋏㒳ˈৃҹ໘⧚৘⾡䴲᭛ᄫⱘҟ䋼DŽ 䰘ᔩ䆡∛㸼 义ⷕˈ3/4 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?䰘ᔩ䆡∛㸼.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com

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Ϟϔ义 ϟϔ义 䖨ಲⳂᔩ 䖨ಲ㤊ᑘ 䰘ᔩ䆡∛㸼 义ⷕˈ4/4 file://E:\wcb\⫳⠽ֵᙃᄺ˄Ё䆥ᴀ˅?䰘ᔩ䆡∛㸼.htm 2005-1-18 Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com Click to buy NOW! PDF-XCHANGE www.docu-track.com