科学出版社：《生物信息学》课程教材PPT课件（第四版）第九章 系统生物学

第一节：系统生物学基本概念 00心一、历史的机遇 二、生物还原论与生物综合论 生物系统 (生物体)》 还原论方法 综合论方法 (实验) (系统生物学) 组成部件 (基因/蛋白质)

一、历史的机遇 第一节：系统生物学基本概念 2 二、生物还原论与生物综合论

第一节：系统生物学基本概念 0似三、什么是系统生物学 系统生物学(System Biolog罗)是研究一个生物系统中所有组 成成分(gene、mRNA、protein等)的构成，以及特定条件 下这些组分间的相互关系的学科。 3

三、什么是系统生物学 第一节：系统生物学基本概念 3 系统生物学（System Biology） 是研究一个生物系统中所有组 成成分（gene、mRNA、protein等）的构成，以及特定条件 下这些组分间的相互关系的学科

第一节：系统生物学基本概念 00似三、什么是系统生物学 WNT(FrizzledDishevele Anti-growth factors (e.g.TGFB) G5K3 TGFBR Cals◆Cadherin B-Catenlr -Catenin:TCF P16 Cdc42P13K---Rac- ECMIntegrins FAK GyeD.CDK4一p54=-- Cas+Crk bPVE7 PLC p27=== Cycl E:CDK2-p21 Growth Factors Grb2 DNA damag RaRa时MEK◆MAPK (e.g.TGFa) d-Max Changes in Gene Proliferation Abl MEKK (Cell Cycle) Hormones cdc2+Rae+ho (eg8o.nbesin+⑦伍TiM G-Prot-+Ad Cyel-PKA CREB ARF-MD (e.g.Estrogen) ◆HR (e.g.E) PKC NF-xB Stat 3,5 Survival FactorsRTK Cell Death (e.g.IGF1) P13K-Akt Akka-hB- (Apoptosi】 FADD ◆sta3.5 PTEN FAP-CFas st35-----+B Decoy R) Bad Death Factors (eg.FasL】 Cytokine R) Cytokines (e.g.IL-3/5) 4

三、什么是系统生物学 第一节：系统生物学基本概念 4

第一节：系统生物学基本概念 00M以 四、系统生物学基本框架 扰动 活细胞 动态反应 环境变化 变化：基因表达谱..… 基因破坏 基因过表达 基础理论 生物学知识 实际应用 虚拟细胞 分子生物学 细胞生物学 生物化学 遗传学 全基因组序列 5

四、系统生物学基本框架 第一节：系统生物学基本概念 5

圆 第一节：系统生物学基本概念 00八（一）系统结构鉴定 (二)系统行为分析 (三)系统控制 (四)系统设计 6

第一节：系统生物学基本概念 6 （一）系统结构鉴定 （二）系统行为分析 （三）系统控制 （四）系统设计

第二节：复杂网络及特征 0队（一）复杂网络的统计特征 平均距离(average distance) 集聚系数(clustering coefficient) (二)网络的拓扑分析 (三)生物中的复杂网终

第二节：复杂网络及特征 7 （一）复杂网络的统计特征 平均距离（average distance） 集聚系数（clustering coefficient） （二）网络的拓扑分析 （三）生物中的复杂网络

第三节：系统生物学基本技术与方法 00八· 一、测量技术 (一)全面测量 (二)系统生物学测量 (三)定量的高通量测量技术 8

第三节：系统生物学基本技术与方法 8 一、测量技术 （一）全面测量 （二）系统生物学测量 （三）定量的高通量测量技术

第三节：系统生物学基本技术与方法 例叭二、系统生物学实验方法 三、系统结构的鉴定 （一)网络结构的鉴定 1、自下而上的方法 2、自上而下的方法 (二)参数鉴定 9

第三节：系统生物学基本技术与方法 9 二、系统生物学实验方法 三、系统结构的鉴定 （一）网络结构的鉴定 1、自下而上的方法 2、自上而下的方法 （二）参数鉴定

第三节：系统生物学基本技术与方法 00八 四、系统行为分析 五、系统生物学计算：数据与工具 (一)计算数据日益重要 (二)整体分析日显重要 (三)计算模型越来越重要 (四)计算模型的类型 (五)模型细节的选择 0

第三节：系统生物学基本技术与方法 1 0 四、系统行为分析 五、系统生物学计算：数据与工具 （一）计算数据日益重要 （二）整体分析日显重要 （三）计算模型越来越重要 （四）计算模型的类型 （五）模型细节的选择

第四节：基因表达调控网络 000队-、 基于DBRF方法从稳态基因表达数据推测 基因网络 (一)基于差异表达调控识别方法推测基因 调控网络 1 1

第四节：基因表达调控网络 1 1 一、基于DBRF方法从稳态基因表达数据推测 基因网络 （一）基于差异表达调控识别方法推测基因 调控网络